Die Klinik ist in fünf Stationen aufgebaut. Die Kinder melden sich mit dem Namen ihres Kuscheltieres an, erklären, was diesem fehlt, bekommen einen Laufzettel (ein "Rezept") und setzen sich in den Wartebereich. Danach wird das Kuscheltier zunächst von oben bis unten durchgecheckt. Im Röntgengerät, das von Lukas Blumenstein hierfür extra gebaut wurde, wird das Kuscheltier durchleuchtet. Am nächsten Tisch, der Therapie, bekommen die plüschigen Patienten einen Verband, Pflaster und es wird sogar operiert. Anschließend folgt die Apotheke, dort erhalten die Kinder Trostpflaster, Traubenzucker und Gummibärchen, die als "Schmerztabletten" dienen. Was an den Kuscheltieren behandelt wurde, ist während dessen den Kindern genau erklärt worden.

Die Kinder, aber auch die Eltern und Großeltern, sind über den Ablauf, die Behandlungen, die Erklärungen der Teddybären-Ärzte sowie über die Ausstattungen der Stationen begeistert. So gehen einige Kinder sogar mehrmals durch die Stationen. Die Teddybären-Ärzte, denen es genauso große Freude bereitet, sind "richtige" Ärzte und Krankenschwestern, sowie Auszubildenden der Gesundheits- und Krankenpflege bei der Oberschwabenklinik. Auch andere Abteilungen der OSK unterstützen an verschiedenen Stationen. Ziel der Teddybären-Klinik ist es, dass den Kindern spielerisch die Angst vor medizinischen Untersuchungen genommen wird.